<海底两万里>的主要内容是叙述法国生物学家阿龙纳斯教授在深海旅行的故事。故事的起因是1866年所发生的一件闹得满城风雨的怪事。当时不少航行船只在海上发现了一头大“海怪”，并有船只遭到“海怪”的袭击。出于对航海安全的考虑，也是在公众的呼吁下，由美国派遣了一艘战舰对“海怪”进行追逐。
法国生物学家阿龙纳斯教授受邀参加了这次追逐行动。结果，追逐怪物的战舰反被怪物追逐，并遭到“海怪”的凶猛袭击。阿龙纳斯教授和他的两位同伴落水，被“海怪”所救，此后便跟随“海怪”周游四海，探尽海底秘密，历尽艰辛和风险。最后，他们因不堪海底世界过于沉闷的生活，又设法逃走，重回陆地。
